超臨界CO2萃取的工藝流程是根據不同的萃取對象和為完成不同的工作任務而設置的。 簡單的工藝流程，主要分為提取段和和分離段，其中提取段指溶質由原料轉移至二氧化碳流體過程，分離段指溶質和二氧化碳分離及不同溶質間的分離。在超臨界二氧化碳萃取的實際操作過程中會受到很多因素的影響，而導致我們采用不同的萃取工藝流程。這些影響主要有：

　　（1）萃取壓力的影響

　　萃取壓力是SFE 重要的參數之一，萃取溫度一定時，壓力增大，流體密度增大，溶劑強度增強，溶劑的溶解度就增大。對于不同的物質，其萃取壓力有很大的不同。

　　（2）萃取溫度的影響

　　溫度對超臨界流體溶解能力影響比較復雜，在一定壓力下，升高溫度被萃取物揮發性增加，這樣就增加了被萃取物在超臨界氣相中的濃度，從而使萃取量增大；但另一方面，溫度升高，超臨界流體密度降低，從而使溶解度減小，而導致萃取量降低。因此，在選擇萃取溫度時要綜合這兩個因素考慮。

　　（3）原料粒度的影響

　　原料粒度大小可影響提取回收率，減小原料粒度，可增加固體與溶劑的接觸面積，從而使萃取速度提高。不過，粒度如過小、過細，不僅會嚴重堵塞篩孔，造成萃取器出口過濾網的堵塞。

　　（4）CO2流量的影響

　　CO2的流量的變化對超臨界萃取有兩個方面的影響。CO2的流量太大，會造成萃取器內CO2流速增加，CO2停留時間縮短，與被萃取物接觸時間減少，不利于萃取率的提高。但另一方面，CO2的流量增加，可增大萃取過程的傳質推動力，相應地增大傳質系數，使傳質速率加快，從而提高SFE的萃取能力。因此，合理選擇CO2的流量在SFE中也相當重要。

　　（5）夾帶劑的選擇

　　超臨界流體萃取的溶劑大多數是非極性或弱極性，對親脂類物質的溶解度較大，對較大極性的物質溶解度較小。針對這一問題，在純的超臨界CO2中加入一定量的極性成分（即夾帶劑）可顯著地改變超臨界CO2流體的極性，拓寬其適用范圍。